1098-ban a Molesme-i bencés apátságból elindult szerzetesek Szent Róbert, Szent Alberik és Harding Szent István vezetésével megalapították Cistercium (Citeaux) monostorát, amely néhány évtized múlva a belőle kirajzott alapításokkal együtt kidolgozta az apátságok új alkotmányát, a Carta Charitatist, amely új szerzetesrenddé formálta a Cisterciumot követő monostorok közösségét. Szent Bernátnak, Clairvaux lánglelkű apátjának sugárzó lelkisége ezreket vonzott az új rendbe, amely Szent Benedek Regulájának szellemében megvalósította az imádság, a munka és a lelki művelődés egyensúlyát az egyszerűség, a csend és a magány légkörében. 1500 körül 740 férfi és 670 női apátsága volt a rendnek. A reformáció, a francia forradalom és a XIX. század első felében bekövetkezett szekularizáció után ennek csupán kis töredéke maradt meg. A XVII-XIX. században több apátságban – főként a német nyelvterületeken – a régi mezőgazdasági és ipari kézimunka helyébe a lelkipásztori és az iskolai tanító munka lépett. Ma kb. 900 férfi és ugyanannyi nő tagja van a rendnek Ausztria, Lengyelország, Svájc, Németország, Olaszország, Franciaország, Spanyolország, Hollandia, Belgium monostoraiban, Európán kívül Vietnamban, Braziliában, Eritreában, Etiópiában, Kanadában és az Egyesült Államokban.Magyarországon az első ciszterci apátság 1142-ben a mai Bátaszék helyén Cikádoron létesült. III. Béla király 1182-ben alapította a zirci apátságot, valamint emellett négy apátsággal gyarapította a rendet. A XV-XVI. században mind a 18 középkori magyarországi ciszterci monostor elnéptelenedett és elpusztult. A törökök kiűzése után a külföldi ciszterciek visszaszerezték a zirci, pásztói és szentgotthárdi apátságokat és azok birtokait. A pásztóiak Egerbe költözve 1776-tól az elárvult egykori jezsuita gimnáziumban vállaltak tanítást. 1813-ban a magyar király a zirci perjelt nevezte ki pilisi–pásztói apátnak. Majd a sziléziai Heinrichau feloszlatása után Zirc önálló apátság lett. Önállósítása a pilisi–pásztói apátságok Zirccel való egyesítését eredményezték. 1814-ben a zirci ciszterciek az állami és társadalmi elvárásnak megfelelően átvették a jezsuiták egykori székesfehérvári és pécsi gimnáziumának vezetését. Ezt később a bajai gimnázium átvétele és a budai gimnázium megalapítása követte. Így a magyarországi ciszterciek fő munkaterülete a középiskolás ifjúság oktatása és nevelése lett.A Zirci Apátság 1859-ben belépett az akkor alapított Osztrák–Magyar Kongregációba, de az I. világháború után kérte a Szentszéktől az addigi kötelékből való kiválását. XI. Pius pápa 1923. január 27-én hozta létre a Ciszterci Rend Zirci Kongregációját, amelynek 1961 óta a Dallasi Ciszterci Monostor és 1996 óta a Kismarosi Ciszterci Nővérek Apátsága is tagja. 1948-ban az állam mind az 5 gimnáziumot elvette Zirctől, 1950-ben a rendházait is lefoglalta, működését is betiltotta. 1950-ben 253 szerzetese volt Zircnek. A rendszerváltozás után, 1993 és 1997 között az apátság 5 gimnáziumát visszakapta, ám jelenleg a bajai gimnáziumot nem az apátság működteti. A Zirci Apátság ismertebb személyiségei közé tartoznak: Dr. Békefi Remig budapesti egyetemi tanár, történész (zirci apát: 1911-24.), Brisits Frigyes irodalomtörténész, Endrédy Vendel zirci apát (1939-81), akit 1950-ben letartóztattak, és 15 év börtönre ítéltek, Hagyó Kovács Gyula Zirc előszállási mintagazdaságának vezetője, Dr. Palos Bernardin, tankerületi főigazgató és a pedagógia neves művelője, Sigmond Lóránt az Apátság vezetője 1950-től, Dr. Zakar Ferenc Polikárp római egyetemi tanár, a Ciszterci Rend generális apátja (1985-95), zirci apát (1996-2000), főapát (2000-). Egyházjogi státusza: pápai jogú férfi szerzetes intézmény (papi). A közösség jogi személy.